Debe ser idéntico al parpadeo cuando Dalvik está habilitado. Si el cocinero de la ROM empaquetó todo correctamente, deberías poder "dirty-flash" las compilaciones nocturnas sobre las anteriores (asumiendo que te mantienes en el mismo canal de ROM). Yo confirmaría con el autor de la ROM, sin embargo.
En cuanto al tema de borrar cachés, las instrucciones de instalación de CyanogenMod especifican claramente:
Contrariamente a la creencia popular, no es necesario borrar NADA cuando actualizas CM. Esto incluye la partición de caché, tu caché de Dalvik y las estadísticas de batería. Si bien borrar estos no dañará nada, puede aumentar el tiempo que tarda en iniciarse CM después de instalar la actualización. Android es lo suficientemente inteligente como para gestionar tanto tu caché como tu caché de Dalvik sin que intervengas, y borrar tus estadísticas de batería no hace absolutamente nada para ayudar con la vida de la batería (el archivo solo se utiliza para proporcionar la información en bruto para proporcionar las estadísticas y el gráfico en Ajustes -> Batería) – en realidad se borra automáticamente cada vez que tu dispositivo se carga al 100%.
Por supuesto, siempre debes tener una copia de seguridad reciente a través de recuperación en caso de que las cosas comiencen a salir mal.