Las aplicaciones instaladas en la tarjeta SD no se puede ejecutar si se quita la tarjeta SD o te estás convirtiendo en una memoria USB de almacenamiento Masivo (por lo que se puede acceder desde un ordenador). Ese es el único inconveniente que he estado experimentando.
De hecho, he visto mejora en el rendimiento ya que al mover a SD; antes de que me mudé a la SD me había agotado la memoria interna (aproximadamente un par de kilobytes a la izquierda) y el teléfono gal bastante mal. Desde que se mudó a la SD (y por lo tanto liberar algo de espacio en la memoria interna), y el lag desaparece.