¿Has probado a borrar los valores por defecto de tu navegador? Si tienes Firefox configurado como navegador por defecto, cada vez que algo en tu teléfono haga una petición que deba ser gestionada por un navegador, Firefox se iniciará por defecto sin otras opciones.
Puedes saber fácilmente si Firefox está configurado por defecto tocando un enlace en otra aplicación, como el correo electrónico o Facebook. Si se te presenta una lista de aplicaciones entre las que elegir para abrir el enlace (por ejemplo, Firefox o Chrome) y dos botones -uno para usar la aplicación elegida cada vez que se abran enlaces en adelante, y otro para abrir el enlace con esa aplicación sólo esta vez-, no tienes configurado ningún navegador por defecto. Si en lugar de eso, al hacer clic en el enlace, se abre inmediatamente Firefox, éste se establece como predeterminado. Esto podría ser lo que está sucediendo aquí con su YubiKey.
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¿Has probado a hacerlo con Chrome ya en primer plano? Android da prioridad a la actividad en primer plano para manejar las etiquetas NFC, pero sólo si la actividad lo pide.
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Sí, lo he probado. Mis únicas opciones son Firefox y ahora, después de instalarlo, YubiClip.
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7 años después, la investigación preliminar mostró que en ese entonces, en 2016, necesita la aplicación Google Authenticator para funcionar ( 1 , 2 ). En 2020, parece que Chrome utiliza Google Play Services (y también Google Authenticator) como backend ( 3 ). No tengo YubiKey para probarlo, pero asumiría que ahora funciona en Chrome, excepto que puede que siga sin mostrarse como opción al pulsar el NFC.