Esos porcentajes provienen de aplicaciones que utilizan funciones de Android en lugar de sus propios módulos (para ahorrar tiempo/espacio/compatibilidad). El informe de batería agrupa todo el uso de la batería de esas funciones de Android y lo pone en esas dos entradas (dependiendo de la función). Puedes instalar una aplicación como Detector Wakelock para ver qué es exactamente lo que más está usando su batería en el fondo.

De acuerdo con este post de Joe Levi en PocketNow :

"Sistema operativo Android" y "Sistema Android"

El 1% y el 2% no son nada de lo que preocuparse, pero eso es justo lo que mi dispositivo está reportando ahora. Al final del día esos números serán muy diferentes. Algunos usuarios incluso reportan que cualquiera de esos dos procesos constituyen el 30 o 40 por ciento del uso de la batería de su teléfono o tablet. Algo no está bien ahí, pero ¿qué es?

Un sistema operativo es una "cosa" bastante grande. Tiene decenas de miles de líneas de código, actúa como una capa de abstracción entre el hardware y el software, y a menudo incluye un montón de aplicaciones y servicios todos juntos.

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Cuando una aplicación quiere saber dónde estás, le pregunta a Android. Cuando se informan las estadísticas de tu batería, es "Android" quien la usa para determinar tu ubicación, no Facebook, Twitter, Google+, Waze, o cualquier otra aplicación geo-reconocida que estés usando. El conocimiento de la ubicación es solo un ejemplo. Podríamos hablar de aplicaciones que usan datos del barómetro, podómetro, sensor de luz, magnetómetro, etc., pero la geo-localización es probablemente la más fácil de hablar para ilustrar el concepto.

Todo se está comportando como debería, pero el informe de la batería no está siendo tan útil como te gustaría. Quieres saber qué aplicaciones están usando más de tu batería de lo que te gustaría, y luego presionas a sus desarrolladores para que lo arreglen, ¿verdad? Aún no hemos llegado a ese punto, e incluso con los avances en los informes de batería que se producirán en Android 5.0 Lollipop, rastrear a los culpables de la carcoma de energía no está tan claro como nos gustaría. Al menos no todavía, ¡pero estamos haciendo progresos!