Lo que describes es lo que se conoce como " flash sucio ¡", lo que es un no-no! Especialmente de AOSP a CM y viceversa, podría llevar a todo tipo de cierres forzados, etc. Igualmente, [una ROM personalizada particular (insértela a su elección)] a otro pero diferente [ROM personalizada (inserte lo que desee)] y viceversa.
El sólo el tiempo se puede realizar un dirty flash si se pasa de CM nightly a la última nightly, o [ROM personalizada] a una versión más reciente del mismo [ROM personalizada] En teoría, aunque sin garantías que todo funcione "correctamente". Ocasionalmente, se producirán cierres forzados o se manifestará alguna "rareza", por lo que no hay garantías.
Realmente, si se pasa de una ROM a otra, lo mejor es borrar la caché/datos por completo proporcionado se ha hecho una copia de seguridad en primer lugar :)
¿Por qué no utilizar una herramienta de copia de seguridad como Copia de seguridad en titanio o las herramientas básicas de copia de seguridad que se encuentran en la Play store en caso de no estar rooteado ? :)