¿Estás seguro de que realmente cerraste Skype (no solo lo ocultaste en segundo plano)? En el menú principal de Skype, presiona el botón "menú" y luego cierra la sesión.
Si eso no resuelve tu problema, veo dos posibilidades:
- Instala un firewall (un buen firewall está en Avast! Mobile Security) y bloquea el acceso a la red para Skype, desbloquéalo solo cuando lo estés usando (la instalación de un firewall requiere acceso de root)
- Intenta detener el servicio de Skype en el administrador de aplicaciones -> procesos en segundo plano (se encuentra en Configuración)
Si todo es verdad, creo que es un error y tenemos que contactar a Microsoft...