Se debe a una diferencia de permisos.
Cuando estás mirando desde el ordenador, estás accediendo al teléfono a través de ADB o MTP, que probablemente se está ejecutando con privilegios especiales, como 'shell' o 'Root'. Cuando se mira desde la aplicación en el teléfono, se está ejecutando como un determinado 'userId' y 'appId' de Android en una caja de arena que no necesariamente tiene acceso a los archivos de otros usuarios o a muchos archivos del sistema. De hecho, Android 4.2 y posteriores utilizan espacios de nombres de archivos y montajes de enlace para hacer que los archivos de otros usuarios sean completamente invisibles (ni siquiera montados) cuando otro usuario está conectado. Incluso un explorador de archivos Root no verá los archivos no montados.
La única manera de ver todos los archivos del sistema es estar ejecutando como Root. La única manera de ver todos los archivos de un usuario en particular en el almacenamiento externo es estar conectado como ese usuario, forzando así al sistema a montar las carpetas de almacenamiento externo apropiadas.