Yo suelo leer mis libros a través de una aplicación llamada Mantano en Android. Tienen una basada en la nube, mecanismo de sincronización que se sincroniza anotaciones a través de diversos dispositivos móviles.
Mi problema es que quiero tener todos mis libros en Dropbox (o tal vez Calibre) y desea mantener todas las anotaciones, marcadores en un solo lugar (preferentemente dentro del mismo libro), de modo que si en un futuro quiero cambiar el software de lectura en cualquier plataforma, tengo las anotaciones a la derecha allí.
Existe alguna solución para esto? Yo principalmente leer epub y pdf de los libros. Un solo lector es la mejor opción, pero si no es posible, puedo usar dos lectores (uno en pdf y otro para epub). Quiero estar lejos de la dedicada a los lectores como kindle, nook, etc.
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Eso requeriría mantener las anotaciones, etc. dentro de el propio archivo del libro, lo cual es teóricamente posible para PDF y EPUB3 (aunque sólo lo soportan unas pocas aplicaciones de esta manera). No conozco ninguna aplicación que lo maneje de esta manera para EPUB. Para PDF, parece que ezPDF Reader Multimedia PDF en su versión de pago es capaz de esto -- no lo he probado yo mismo, pero tengo PDFs editados de esta manera (¿quizás @ce4 pueda aclararlo?).