Hace unos minutos he tenido un problema similar. He tenido literalmente cientos de duplicados para dos de mis contactos. Cuando seleccionaba alguno de ellos, no se abría nada, salvo un pequeño mensaje que decía "El contacto no existe". No pude borrarlos.
He leído esto: http://www.anushand.com/2015/04/my-nexus-5-couldn-connect-calls-with-my.html y probé lo que me sugirieron (desmarcar las casillas de sincronización de contactos de todas las cuentas desde la sección de Cuentas en la Configuración), pero no funcionó.
Lo que he tenido que hacer es ir a la aplicación de Outlook y DESMARCAR la casilla de sincronización de contactos. Ahora todo parece funcionar bien, todos los duplicados han desaparecido.
No estoy seguro de si he tenido que desmarcar las dos casillas, la de la sección de Cuentas en los Ajustes Y la directa de la app, para que esto funcione. Tal vez solo una de ellas tenga un error.
De todos modos, ahora mismo no voy a correr riesgos: Sólo sincronizo los contactos de Google.
Tengo un Nexus 4, 5.1.1.
Salud.
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