No, el update.zip no restaura todas tus aplicaciones. El propósito de esto es permitirle instalar Titanium Backup como una aplicación de usuario o de sistema mientras está en el bootloader de recuperación. Deberías hacer un wipe de tu teléfono, luego instalar una rom personalizada (como siempre), y después instalarías Titanium Backup.
Esto es para simplificar enormemente la restauración de los datos del sistema. Normalmente, tendrías que arrancar la nueva rom, iniciar sesión en la aplicación de google play, descargar TB, y luego ejecutar una restauración. De esta manera, puedes simplemente abrir TB tan pronto como arranques y restaurar todo, incluyendo tus cuentas de google y contraseñas de wifi.