El directorio de tonos no se actualiza en la configuración

Para actualizar el directorio de tonos de llamada, el escáner de medios tiene que funcionar. Por lo general, al reiniciar el teléfono se hace esto, pero si el escáner de medios no comprueba ese directorio cuando se inicia el dispositivo, puedes intentar crear un archivo en el directorio de tonos de la tarjeta sdcard con una aplicación que active el escáner de medios. Creo que Astro File Manager lo activará.

Si eso no funciona, podrías intentar limpiar la caché (asumo que Root ya que estás usando el explorador Root y borrando los tonos de llamada del sistema), el sistema puede estar almacenando esa información en la caché y piensa que todavía están ahí.