Siento no poder darte ayuda con la parte del Root ya que nunca lo he hecho pero podría indicarte en qué debes fijarte si quieres que esta acción se produzca con otra aplicación.
Más o menos cuando conectas el teléfono a la base del coche... un Intent
se crea. Si una aplicación como Custom Car Home u otra se asocia a esa Intent
entonces el usuario recibirá un diálogo de selección en el que se le preguntará qué aplicación desea lanzar para esa intención/acción.
Si por el momento lo único que ocurre es que se lanza automáticamente el Samsung Desk Home, probablemente sea porque Custom Car Home no se ha asociado a ese Intent
.
Por lo que parece que Tasker puede hacer (y he oído que puede hacer mucho) esto debería ser manejable a través de él. Intenta configurar el lanzamiento de una aplicación en una condición específica. Esa condición es cuando el teléfono está anclado en el muelle del coche.
Tasker se asociará entonces a ese Intent
y dispara tu aplicación deseada.
Espero que algo de esto haya sido útil. Siento no haber podido ser de mucha ayuda.