Antecedentes
Para entender la cuestión, es necesario conocer un poco el funcionamiento:
Para casi todo, Android transmite "eventos" -- como por ejemplo, boot_completed, SMS recibido, tarjeta SD insertada/extraída, batería baja... señal NFC recibida. Las aplicaciones pueden registrar los llamados "oyentes" con el sistema, que están vinculados a los eventos especificados. En su caso, las aplicaciones mencionadas se han registrado para eventos NFC.
Ahora, cuando se emite un evento, y no hay un oyente para él, no pasará nada. Si es una sola aplicación la que ha registrado un oyente, esta aplicación será llamada. Si hay varias aplicaciones registradas como oyentes, el sistema busca si una de ellas está configurada como "predeterminada" por el usuario; si es así, se llama a ésta - de lo contrario, aparece una ventana emergente para que el usuario elija qué aplicación debe manejar el evento. Normalmente, esta ventana emergente también contiene una casilla de verificación para que esa aplicación sea la predeterminada para este evento.
Soluciones
Como se ha dicho, normalmente debería haber una casilla de verificación, que en tu caso no parece ser el caso. Así que parece que no hay posibilidad de definir una acción por defecto para este evento, sea cual sea la razón. Podrías probar con aplicaciones de la playstore que sí manejan aplicaciones por defecto (por ejemplo Gestor de aplicaciones por defecto ), pero lo más probable es que esto tampoco funcione.
Un segundo punto en el que fijarse sería en Ajustes → Aplicaciones → Gestionar aplicaciones Elige la aplicación que desees y comprueba si tiene la casilla correspondiente no está en gris -- si es así, simplemente compruébalo. Lo más probable es que esté en gris, por lo que tampoco podrá hacer nada aquí.
El siguiente paso requeriría Root - así que si su dispositivo no está rooteado, es puramente informativo para usted. Como se ha descrito anteriormente en "Fondo", todas las aplicaciones relacionadas tienen un oyente registrado en el sistema. Así que deberíamos ser capaces de desregistrarlo. Esto se puede hacer, por ejemplo, con Autorun Manager PRO (sí, necesitará la versión Pro -- ya que con la gratuita sólo puede cambiar 2 entradas).
Como muestra la captura de pantalla, esta aplicación puede activar/desactivar las escuchas, de modo que puedes evitar que las aplicaciones se inicien automáticamente en situaciones que no deseas. Lo cual se aplicaría a la tuya: Encuentra el oyente correspondiente, desactívalo, bien.
Sin Root, la única posibilidad que queda es deshacerse de todas las aplicaciones menos una. Podrías desinstalar las demás o, si prefieres mantenerlas (y estás ejecutando Android 4.0 o superior), simplemente desactivarlas en Ajustes → Aplicaciones → Gestionar aplicaciones Así, cuando sea necesario, sólo tendrá que volver a activarlos en el mismo lugar.