Si tienes un cargador de arranque habilitado para fastboot, entonces debería ser bastante simple. Solo coloca el archivo system.img en algún lugar de tu PC, conecta tu dispositivo a través de un cable USB, reinicia en el modo fastboot del cargador de arranque y luego:
fastboot flash system /ruta/al/system.img
Si no tienes fastboot, entonces tendrás que hacer un poco más de esfuerzo. Una opción sería usar algo como unyaffs para extraer el contenido del system.img (si es un sistema de archivos ext2/3/4 simplemente móntalo) y luego empaquetarlo como un archivo zip que se puede instalar desde una recuperación personalizada. Hay algunos tutoriales dando vueltas que explican la sintaxis del archivo de script del instalador, pero probablemente la forma más fácil de entenderlo sería descargar un ROM personalizado para tu dispositivo, descomprimirlo y mirar el archivo updater-script (debería estar en META-INF/com/google/android/updater-script en el archivo).
También podrías intentar simplemente usando dd en el dispositivo, aunque te sugiero tener cuidado si decides intentarlo, y asegúrate de estar arrancado en modo de recuperación:
adb push system.img /sdcard/
adb shell
dd if=/sdcard/system.img of=/tu/partición/system
Alternativamente, a menudo puedes compilar el código fuente para que cree un archivo zip en lugar de imágenes en bruto, luego instala el zip desde la recuperación. Te sugiero verificar si tienes algo como make otapackage disponible para ti.
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¿Estás trabajando desde la fuente de HTC o el AOSP? Lo segundo es muy poco probable que arranque, o funcione en general si lo hace.