En cuanto a desinstalar aplicaciones, creo que no. Las apps estándar (las que no usan acceso Root) tienen como mucho tres partes:
Un único archivo ejecutable
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A .apk que contiene toda la aplicación, de forma similar a las aplicaciones de Windows, que están contenidas en un archivo .exe (como la mayoría de los instaladores: No sólo lleva todo el código que necesita, sino también todas las imágenes, archivos de configuración que necesita, etc.)
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Se almacena en /data/app normalmente
Una única carpeta con todos los datos de usuario
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Esto es para cosas como el almacenamiento de configuración, o cachés
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Aunque esto es comparable a su appdata no se desordena porque las aplicaciones sólo pueden tener una única carpeta que es gestionada completamente por el sistema y se elimina fácilmente cuando se desinstala.
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Almacenado en /data/data
Posiblemente otra carpeta en /sdcard/Android/data
- Básicamente igual que el
/data/data pero si la aplicación necesita mucho espacio para archivos adicionales los coloca aquí
Cuando se desinstala una app, todas estas partes son destruidas por el sistema, así que no se me ocurre nada que pueda quedar desordenado más que la fragmentación de la sdcard. NO descargar ninguna aplicación de desfragmentación (no he encontrado ninguna que no fuera una especie de estafa). En su lugar, consigue un lector de tarjetas y desfragmenta en tu PC si es necesario.
Editar : Como sugiere Izzy más abajo, Doncella SD es un buen gestor/limpiador
