Pues bien, el hardware tiene que estar bien alineado, para que el lugar donde detecta tu tacto coincida con lo que ves que tocas.
También hay algoritmos generales que el sistema aplica para tomar decisiones sobre dónde está el centro de tu toque, ya que tu dedo no es un punto perfecto, etc.
Por último, una aplicación debe decidir qué hacer con un toque. Cuando una aplicación utiliza widgets simples, como botones, es bastante sencillo asignar la posición del toque a un widget. En el navegador, sin embargo, es mucho más difícil. Determinar la posición de un control renderizado dinámicamente mediante HTML (y JavaScript, etc.) es una tarea bastante compleja. Verás que la mayoría de los navegadores táctiles, incluso en otras plataformas, tienen distintos niveles de dificultad con la precisión táctil.
Así que depende tanto del hardware como del software, pero la variación que estás viendo entre las aplicaciones es probablemente todo debido a las aplicaciones.