¿El ''wipe data/factory reset'' en ClockworkMod también eliminará mis copias de seguridad que he hecho?

Borrar datos borrará todo en su /data partición (de ahí el nombre). A restablecimiento de fábrica borrará los mismos (adicionalmente también la caché y la caché Dalvik), y pondrá tu dispositivo de nuevo en un estado virgen. Normalmente, esto no toca la SDCard (externa), y AFAIK no debería tocar la SDCard interna tampoco.

No sé en qué partición reside tu carpeta mencionada; pero si quieres estar seguro, haz una copia de seguridad de todo en la tarjeta SD externa (o incluso mejor fuera del dispositivo, por ejemplo, en tu ordenador).