El aviso que aparece es del Superusuario que regula el acceso Root de otras aplicaciones de tu dispositivo. Es una aplicación de terceros y no forma parte del propio sistema Android.
Para modificar las aplicaciones aprobadas para el acceso Root, basta con abrir Superusuario desde el cajón de aplicaciones. Hay una pestaña que enumera las aplicaciones aprobadas actualmente, y pulsando sobre una aplicación podrás cambiar su estado de aprobación u "olvidar" el estado por completo (lo que hará que aparezca el mensaje la próxima vez que la ejecutes).
También hay un ajuste que cambia el comportamiento cuando pulsas sobre una aplicación de la lista. Puedes configurarlo para que te muestre un mensaje en el que puedes seleccionar el estado de aprobación que deseas para la aplicación (como arriba), puedes configurarlo para que "olvide" una aplicación cuando pulses sobre ella (sin mensaje) o puedes configurarlo para que cambie entre los estados de aprobación cuando pulses (de nuevo sin mensaje).