Creo que Matthew Read tiene razón en que no hay una forma nativa de sincronizar esto, y en la capacidad de Locale para trabajar en esto, pero voy a sugerir algunas alternativas más baratas y simples a la aplicación de Locale de 10 dólares:
Tasker ($6.50): Básicamente lo mismo que en Locale pero más barato. Con esto (y probablemente Locale) podrías establecer un perfil que active la auto-sincronización por sólo 5 minutos y que lo repita cada hora (o el tiempo que quieras). Además, Tasker puede usar los plugins de Locale.
JuiceDefender (libre): Lo he usado antes (aunque nunca he intentado lo que tú intentas hacer) y es súper fácil de configurar y usar. Te permite controlar la conectividad total y el control de la conectividad aplicación por aplicación. También dice que te permite programar "Eventos de sincronización", lo cual nunca he intentado, suena como si controlara la sincronización general y la específica de la aplicación.
Programa de sincronización (libre): No creo que esto sea tan útil como el nombre sugiere pero si todo lo demás falla vale la pena intentarlo. Te permite establecer tiempos para que la autosincronización se apague y se encienda, pero no estoy seguro de si te permite establecer múltiples ventanas de tiempo por día, así que esto puede ser de uso limitado.
También con respecto a su "¿hay alguna manera de hacer una pausa cuando realmente quiero usar el teléfono?" pregunta, el Widget nativo de Android Power Control tiene un Autosync como una de las opciones que te permite activarlo y desactivarlo a voluntad .