Resumiendo las preguntas:
¿Puedo influir en cómo la aplicación utiliza las diferentes cámaras?
Las aplicaciones de cámara de Android tendrían que exponer cualquier característica al usuario final.
¿Cómo funciona la funcionalidad de múltiples lentes en Android?
Los desarrolladores de aplicaciones de Android tienen documentación sobre el uso de múltiples cámaras físicas y cámaras lógicas:
https://developer.android.com/media/camera/camera2/multi-camera#logical
Pero al final dependería del dispositivo que exponga la funcionalidad para que cualquier desarrollador de Android la use, y luego depende del desarrollador de la aplicación para exponer/integrarla adecuadamente en su aplicación de cámara.
¿Los fabricantes de dispositivos utilizan APIs 'ocultas' o 'especializadas' no disponibles para desarrolladores de aplicaciones de cámara de terceros?
Sí, la documentación a la que hice referencia lo mencionaba explícitamente.
Muchos fabricantes de teléfonos desarrollan aplicaciones de cámara de primera parte que suelen venir preinstaladas en sus dispositivos. Para utilizar todas las capacidades de hardware, pueden utilizar APIs privadas u ocultas o recibir un tratamiento especial de la implementación del controlador al que otras aplicaciones no tienen acceso.`
Por ejemplo, Samsung es conocido por esto: Grabar video a 120FPS usando una aplicación de terceros parece no ser posible en la serie Samsung S y no me sorprendería si otros fabricantes de dispositivos utilizaran APIs no disponibles para desarrolladores de terceros, posiblemente porque el fabricante puede calibrar su software para que coincida con su hardware. Sin embargo, solo porque un fabricante pueda hacerlo no significa que lo haga (probablemente en dispositivos de bajo presupuesto).
¿Android tiene una forma de exponer características de cámara especializadas a las aplicaciones?
El equipo de Android ha proporcionado una API llamada Extensiones de Cámara
https://developer.android.com/media/camera/camera-extensions
y incluso proporciona una lista no exhaustiva de dispositivos con soporte:
https://developer.android.com/media/camera/supported-devices
Nuevamente, el soporte de características específicas varía de un dispositivo a otro y depende del desarrollador de la aplicación de cámara utilizar dicha característica. Las adiciones a la lista existente de características, como bokeh y HDR, están a discreción del equipo de Android y no tienen un cronograma o predicciones.
Si quiero pedir un software que haga la función X, ¿debo preguntar aquí?
No. Stack Exchange tiene un sitio de Recomendaciones de Software que sería más apropiado para preguntas como Aplicación de cámara HDR real gratuita para Android. Como la aplicación Open Camera mencionada en la respuesta es de código abierto, esa aplicación proporciona una buena base de lo que es posible para los desarrolladores de terceros.