Lo más probable es que la categoría "Documentos" esté poblada desde la base de datos MediaStore de Android, una base de datos interna de Android que (debería) contiene entradas para cada archivo en su almacenamiento compartido.
Normalmente, esa base de datos se mantiene automáticamente sincronizada con su sistema de archivos, pero a veces la tarea de indexación se detiene o se pierden archivos nuevos en la tarea de indexación, por lo que tiene la vista de la base de datos y la vista real del sistema de archivos que pueden ser diferentes.
En versiones antiguas de Android (antes de Android 9), la base de datos MediaStore a menudo no estaba sincronizada con el sistema de archivo. En las versiones más nuevas de Android, esto ya no sucede con tanta frecuencia. Sin embargo, cosas como archivos defectuosos pueden hacer que el sistema de indexación se vuelva loco y luego pueda omitir archivos nuevos.
Para que la base de datos MediaStore esté sincronizada nuevamente, hay dos opciones: reconstruir desde cero o forzarla a actualizarse.
Para obtener más detalles, consulte también una respuesta antigua mía: https://android.stackexchange.com/a/202739/2241