Hay dos posibles posibilidades de contrarrestarla:
Primera posibilidad: En caso de que el rooting se haga por medio de scripts y ciertas herramientas binarias, se puede comprobar si las herramientas binarias son herramientas estándar, y por ejemplo, si están incluidas en el Proyecto de Código Abierto de Android (AOSP). En tal caso podrías compilar la herramienta tú mismo o buscar en la red múltiples fuentes. En el ned usa la de más confianza.
Segunda posibilidad: Usar una máquina virtual para ejecutar el software del rooting. Usando una máquina virtual como VMware puedes conectar un dispositivo USB como un teléfono Android en el sistema operativo invitado. Por lo tanto, el rooting del dispositivo desde dentro del SO huésped suele ser posible y no afecta al SO huésped.