He utilizado personalmente el Samsung Galaxy J7, por lo que puedo confirmar que se apaga correctamente cuando se queda sin energía (casi todos los OEM, incluido Samsung, se aseguran de que el dispositivo se apague correctamente antes de que la batería se quede "literalmente" sin energía). Así que no hay daños en el software.
Hablando de hardware, usar tu dispositivo entre un 20%-80% de porcentaje de batería sería una buena práctica. Descargar o cargar a los extremos (0% y 100%) afecta al ciclo de la batería y puede degradar su capacidad neta más rápidamente.
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¿El teléfono tiene el tiempo de apagarse correctamente o simplemente se apaga? Si es esto último, sus datos pueden estar en peligro. Además, utilizar un teléfono hasta que se apague también puede afectar a la batería de forma negativa.