Sí y no - eso depende de si la aplicación ha creado datos de usuario en tiempo de ejecución y si ha instalado una actualización, por ejemplo, a través de Google Play Store (las actualizaciones del sistema son irrelevantes aquí).
No se ha instalado ninguna actualización a través de Play Store
Las aplicaciones del sistema se instalan en la partición del sistema, y la partición del sistema es de tamaño fijo. Así que no requieren ningún espacio en la partición de datos del usuario.
Si desinstalas una aplicación del sistema (o mejor, si deshabilitas una aplicación del sistema, ya que la desinstalación requeriría permisos de Root) no se libera espacio. Pero esto solo se aplica a las aplicaciones del sistema que no han recibido una actualización a través de, por ejemplo, Google Play Store.
Si la aplicación se ha ejecutado y ha creado datos de usuario, estos datos de usuario se eliminan cuando se desactiva/desinstala la aplicación. Por lo tanto, la cantidad de espacio que se puede recuperar al desactivar una aplicación de este tipo depende de la cantidad de datos de usuario que haya creado.
Actualización a través de Play Store instalada
Pero las aplicaciones del sistema no son estáticas, también se actualizan a través de Google Play Store o a través de una tienda específica del fabricante (por ejemplo, Galaxy Store para Samsung). Como las aplicaciones del sistema residen en la partición del sistema y esta partición es de solo lectura, la actualización tiene que instalarse en la partición de datos del usuario. Así que, efectivamente, tienes la aplicación instalada dos veces, una vez la versión antigua en la partición del sistema y una segunda vez la versión reciente en la partición de datos del usuario.
Si ahora desactiva o desinstala la aplicación del sistema, la versión reciente instalada en su partición de datos de usuario se elimina. Eliminar algo de la partición de datos de usuario libera espacio y por lo tanto su aumento de almacenamiento interno.
En tu caso es la aplicación de Facebook lo que significa:
Al deshabilitarlo se han eliminado las actualizaciones instaladas y los datos del usuario de la aplicación de Facebook. Como la aplicación de Facebook es bastante grande que ha ganado algunos megabytes de vuelta por la desactivación de la misma.