Los dispositivos Android no pueden verse afectados de ninguna manera cuando se conectan a un ordenador (al menos cuando se conectan en modo MTP)..
Existe la posibilidad de que se vea afectado, también cuando la depuración USB (modo ADB) está activada, porque puede haber una posibilidad de que haya un virus en su ordenador que pueda instalar una aplicación de virus de carga útil directamente (sin su conocimiento) a través del modo ADB en su dispositivo.
Esa aplicación puede ser un tipo de virus que muestra periódicamente anuncios, o puede ser instalada como una actualización de pago (modded) a una aplicación existente (como un navegador o incluso una aplicación bancaria) (con el mismo nombre de paquete) en su dispositivo que puede rastrear toda la información que usted proporciona a la aplicación (incluso las credenciales de usuario que usted proporciona, como nombre de usuario y contraseña). O en el peor de los casos, puede ser una aplicación de explotación que puede instalarse a sí misma o a sus otras aplicaciones como aplicación del sistema, haciendo imposible su desinstalación (a menos que rootees tu dispositivo).
Así que desactiva el modo ADB cuando no lo uses o cuando no estés trabajando en un ordenador de confianza.
Cuando su dispositivo está conectado en el modo de almacenamiento masivo USB (que se ha eliminado desde KitKat), existe la posibilidad de que un virus en su ordenador coloque archivos de virus elaborados en el disco extraíble (virus populares como autorun.inf, New Folder .exe, Shortcut virus, etc.), pero eso no afectará a su dispositivo Android de ninguna manera. Sólo cuando se conecta el dispositivo a otro ordenador (en modo UMS), existe la posibilidad de que el ordenador se vea afectado.
Aparte de esto, no creo que haya nada perjudicial cuando se conecta al ordenador, AFAIK.