¿Cuál es la diferencia entre com.android.chrome y com.google.android.gms.chromesync?

com.android.chrome es el nombre del paquete de Google Chrome.

com.google.android.gms.chromesync es parte de Google Play Services utilizado para sincronizar los marcadores, historial y contraseñas de Chrome. Forma parte de Chrome Sync que se hizo disponible para su uso a través de Google Play Services hace unos años, como se indica en este artículo:

Si alguna vez has utilizado Google Chrome en Android –seamos honestos, probablemente lo has hecho– entonces probablemente has iniciado sesión en tu cuenta y activado Chrome Sync para tener cosas como marcadores, historial y contraseñas en constante armonía en todos tus dispositivos. Si bien esto funciona muy bien, el proceso de configuración se vuelve un poco redundante para los usuarios que instalan las tres variantes de Chrome (Estable, Beta y Dev). Sin embargo, parece que Chrome Sync se va a mover, o al menos estar disponible directamente a través de Google Play Services. Se han añadido varias actividades y proveedores, junto con algunas de las cadenas necesarias para implementar la misma funcionalidad en el paquete GMS.

¿Qué sucederá para varios usuarios? Tengo dos cuentas (mi trabajo y mi personal) pero en Chrome estoy iniciado sesión en mi cuenta personal, ¿se sincronizarán ambas?

Si has iniciado sesión en Chrome solo con tu cuenta personal, entonces solo tu cuenta personal debería sincronizarse.