Creo que la respuesta básica es no. Obviamente no se puede hacer con AppLock ya que todos los ajustes se acceden a través de la misma aplicación, pero más allá de eso habría que determinar de alguna manera lo que la aplicación de Ajustes estaba haciendo y evitarlo. Esto sería muy difícil, e imposible sin Root.
Sin embargo, creo que la aplicación Ajustes debe ser de código abierto, dado que los fabricantes pueden personalizarla. Posiblemente se podría modificar para bloquear los ajustes de la aplicación a menos que se introduzca una contraseña, o algo así. Sin embargo, eso está fuera del alcance de este sitio.
Otra alternativa son los widgets que modifican la configuración directamente. Estoy seguro de que puedes conseguir un widget que te permita editar el brillo y ese tipo de cosas sin pasar por la aplicación de Ajustes. Sin embargo, no estoy seguro de cómo funcionan los widgets de este tipo; es posible que llamen a la aplicación Ajustes, lo que impediría esto.
En este último caso, también podría ser posible configurar algo como AppLocker que permita que Ajustes se ejecute si es activado por una aplicación "privilegiada". Podrías hacer que el widget de brillo fuera privilegiado, de manera que la aplicación de Ajustes pudiera hacer el cambio de brillo cuando se le solicitara, pero todo lo demás seguiría estando protegido. Supongo que AppLocker no puede hacer esto, pero no sería difícil de desarrollar (de nuevo, fuera del alcance de este sitio).
Sé que esto es un poco vago, pero espero que proporcione algún tipo de ayuda.