El OP originalmente escribió esto en la pregunta, así que lo estoy publicando como una respuesta para que la pregunta deje de aparecer como "sin respuesta":
Yo lidié con esto durante un año más o menos, ya que no era súper significativo, sólo me molestaba. Yo uso un Xperia Z5, donde Sony tiene su propio clon de la aplicación de mensajería, que he desactivado poco después de comprar el teléfono. Utilicé Hangouts antes de cambiar finalmente a Mensajes de Android, donde experimenté este error de notificación. Para solucionar el problema, simplemente activé la aplicación de mensajería incorporada de Xperia, y encontré un mensaje no leído a escondidas: una imagen mms no descargada que me enviaron hace un año. Eliminé el mensaje y la burbuja de notificación desapareció. Volví a la aplicación Mensajes de Android y la burbuja de notificación no volvió a aparecer.
Para aquellos que tienen una experiencia de Android pura y utilizan la aplicación de mensajería por defecto, sugiero cambiar a otra aplicación de sms. Si al elegir dicha aplicación como tu aplicación de sms por defecto, dicha aplicación te muestra la misma burbuja de notificación fantasma, entonces tienes un mensaje fantasma que no apareció en la aplicación de Mensajes de Android por alguna razón u otra. Espero que esto ayude a algún valiente googler en algún lugar.
tl;dr
Cambia temporalmente a otra aplicación de SMS. Es posible que tengas un mensaje fantasma que no aparezca en la aplicación que utilizas normalmente. Elimina el mensaje fantasma y vuelve a cambiar.
