En Cyanogenmod 11 (Kit Kat) estaba ejecutando este binario ffmpeg desde la línea de comandos y ha funcionado muy bien.
He necesitado hacer un downgrade a Cyanogenmod 9 (Ice Cream Sandwich) y ahora me sale un fallo de segmentación al ejecutar el mismo binario de ffmpeg. Hay algo obvio que debería comprobar?
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No es así. Un fallo de segmentación se produce, en definitiva, cuando un software va a escribir en una porción reservada de la memoria. En tu caso, puedo adivinar que el binario fue diseñado específicamente para objetivos dentro de ciertas versiones de Android, y la 4.4 está comprendida en ese rango, mientras que ICS no.
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Sí, ese era el problema.
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Me alegro de que te hayan resultado útiles mis conjeturas.