Cualquier paquete de iconos (no temas como los de Cyanogen Mod, por ejemplo) sólo puede aplicarse a los lanzadores y a las aplicaciones, no al propio sistema Android.
(Excepto que el sistema admite paquetes de iconos, lo que no es habitual en las ROMs oficiales).
Y Nova Launcher (como la mayoría de los lanzadores, si no todos) sólo muestra la pantalla de inicio y el cajón de aplicaciones, todo lo demás (como las aplicaciones recientes, las notificaciones y la pantalla de bloqueo) está controlado por el sistema Android, no por Nova Launcher.
Nota: Los iconos de la pantalla de bloqueo pueden ser cambiados por una aplicación de pantalla de bloqueo pero no por Nova Launcher.
Respuesta final: Usted puede cambiar los iconos en todas partes en su teléfono (CM13) si tiene un motor de tema y que instalar y aplicar un paquete de iconos que es compatible con el motor de tema o aplicar un tema compatible con los iconos deseados. (Ten en cuenta que después tienes que elegir mostrar los iconos del sistema desde Nova Launcher).
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¿Qué versión de Android utilizas? ¿Tienes CyanogenMod en tu dispositivo? Si es así, ¿has instalado temas a través del Theme-Engine?
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@benjaminS Tengo CM13 así que Android 6.0 y ningún tema instalado a través de theme bucket o cualquier otro.