¿Cuál es la forma segura de rootear un dispositivo?

El mejor método sería este: desbloquear el bootloader>flashear el custom recovery desde fastboot>flashear el archivo super SU .zip desde el recovery si esto es posible, en algunos teléfonos no lo es.. Si por forma segura te refieres a "la forma que no te joda el dispositivo" entonces no hay forma, en todas las formas posibles de rootear es posible que algo salga mal pero en la mayoría de las veces flashear el firmware de stock resuelve los problemas.

Como se ha mencionado anteriormente, hay muchos diferentes métodos sobre cómo Root su dispositivo. La única cosa crucial es averiguar exactamente qué modelo de teléfono tiene, y con eso en mente hacer un poco de investigación al respecto.

Por lo general, un buen punto de partida es: https://forum.xda-developers.com/

Tienen algunos tutoriales bastante buenos sobre cómo rootear/personalizar teléfonos, desbloquear bootloaders, etc.

No estoy muy seguro de lo que quieres decir exactamente con "aplicación" y si es de código abierto, pero la práctica generalmente segura es no instalar nada que no provenga de la propia Play Store. Sin embargo, si desea arriesgarse, al menos asegúrese de que está verificado por los desarrolladores como de código abierto, lo que significa que tiene la comunidad de desarrolladores detrás de él que son de confianza y están trabajando en la aplicación constantemente. Espero que esto ayude.