Los permisos a nivel de carpeta no son una buena opción para la sdcard (ya sea emulada o externa). Hace las cosas más complicadas.
Por defecto, las tarjetas sdcards se montan noexec, ningún binario puede ejecutarse desde la tarjeta sdcard. No hace falta mencionar que muchas tarjetas sdcards externas en este momento están formateadas con fat32, los permisos no son una opción para ellos.
Cada aplicación tiene su propio uid/gid. Si una aplicación tiene que tener permisos exclusivos de lectura/escritura (impidiendo que otras aplicaciones lean ese contenido) en una carpeta de la tarjeta sd, entonces es probable que la carpeta sea inaccesible para otras aplicaciones. Este tipo de situación rompe las cosas.
Por ejemplo, los archivos de música van en la carpeta Music de la tarjeta sd. Si esa carpeta tiene permisos exclusivos para una aplicación de música en particular, entonces no puedes tener varios reproductores de música en tu dispositivo.
Otro ejemplo es que un gestor de archivos de terceros ni siquiera puede acceder a todo el contenido de la tarjeta sd, lo que hace que el gestor de archivos no tenga sentido.
Si es que existe este concepto, lo más probable es que Android/google imponga la clasificación de archivos/carpetas en nuestras tarjetas sdc. Yo no preferiría eso. Preferiría tener los archivos/carpetas ordenados de la manera que yo prefiera, no de la manera que alguien me obligue.