adb install -g package.apk

Tuve un problema similar en pruebas automatizadas: al iniciar la aplicación aparecía el cuadro de diálogo de permisos. El comando adb shell pm grant … no ayudó, pero está la opción -g de adb install para otorgar todos los permisos al instalar. Esto resolvió el problema para mí.

De adb --help:

Versión 1.0.41 del Puente de Depuración de Android
Versión 30.0.5-6877874
[...]
instalación de aplicaciones (ver también `adb shell cmd package help`):
 install [-lrtsdg] [--instant] PAQUETE
     enviar un solo paquete al dispositivo e instalarlo
[…]
    -g: otorgar todos los permisos en tiempo de ejecución
[…]

No se puede desactivarlo por completo, y no querrías hacerlo en tu máquina de pruebas incluso si pudieras, porque entonces no podrías probar cómo tu aplicación interactúa con el sistema de permisos (por ejemplo, mostrando la "justificación del permiso", manejando solicitudes rechazadas, manejando la pérdida de enfoque cuando se muestra el diálogo).

Esta pregunta en Stack Overflow, nuestro sitio hermano para preguntas de programación explica algunas maneras en que puedes manejar los permisos en tiempo de ejecución de Marshmallow al ejecutar pruebas, y otra pregunta en el mismo sitio tiene algunas respuestas diferentes. Como has dicho que estás dispuesto a hacer una acción única para que funcione, no olvides que puedes marcar la opción "no volver a preguntar" cuando obtengas el diálogo de permiso, para aceptar automáticamente futuras solicitudes del mismo permiso de la misma aplicación.