Verás la actualización (manual) cuando los permisos de la aplicación hayan cambiado. Entonces, durante la actualización manual, se te debería preguntar si aceptas los nuevos permisos. Aquí hay una referencia del foro de Android Market . Lo leí en otro sitio pero este parece ser el único lugar donde lo encuentro ahora mismo. Citando el enlace:
Froyo añadió una función de actualización automática para sus aplicaciones. Si una aplicación tiene una actualización y no tiene nuevos permisos, será marcada como la "actualización" naranja. Si una app ha cambiado sus permisos, entonces está en rojo y necesitas actualizarla manualmente actualizarla (después de comprobar y verificar los nuevos permisos de por supuesto).
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Una cosa más, puedes comprobarlo cuando actualices tus aplicaciones. Si la aplicación era una "naranja", al hacer clic en actualizar, comenzará a descargarse de inmediato. Si la aplicación Si la aplicación era una actualización manual "rojo", cuando se hace clic en la actualización, usted tiene que estar de acuerdo con el nuevo permisos, y luego empieza a descargarse.