Evitar que se sobrescriba un archivo

Puedes eliminar el permiso de escritura en tu archivo. Necesitarías toybox (incorporado en Android desde la v5.0) o busybox. Asumiendo que ya tienes toybox, usa estos comandos en un emulador de terminal:

su
cd /data/media/0/DIR              # replace DIR with wherever your file is. E.g. if the file is in /sdcard/Download, then DIR should be Download, so that the whole command looks like /data/media/0/Download
toybox chown 444 FILE\_NAME        # this would set read-only permission for every user in the system for that file. Change 444 to 666 to revert changes.
chattr +i FILE\_NAME               # alternative to above command. This prevents writing as well as deletion of the file. Change +i to -i to revert changes.

Si te preguntas por qué los comandos se realizan en el archivo bajo /data/media/0 , lea la respuesta aquí de Irfan Latif.

Solución 1: Mover el archivo a otra carpeta. Así, la app no tendrá acceso a él y ya no podrá modificarlo.

Solución 2: Si el archivo no se puede mover (tal vez porque no quieres moverlo, o porque la aplicación necesita acceder a él desde esa carpeta), cambia sus permisos a sólo lectura. Cualquier buen gestor de archivos debería poder hacerlo. haz clic en el archivo, selecciona propiedades y luego quita los permisos de escritura.

Solución 3: Utilice un terminal y haga que el archivo sea inmutable como se indica en el comentario utilizando el comando

su chattr +i /path/to/your/file

Tenga en cuenta que la segunda y la tercera solución sólo funcionarán si el sistema de archivos acepta el cambio de permisos o banderas.