Otra que las opciones que mencionaste, hay una forma realmente larga de hacer esto, la mejor manera en mi opinión.
Es muy básico y efectivo, yo utilicé este método para encontrar los archivos o carpetas que KingRoot modificó, creó o eliminó.
Es uno de los métodos más antiguos que existen,
Comparar una imagen base y una imagen después de la instalación.
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Hacer una copia de seguridad del dispositivo (en condiciones originales es mejor)
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Instalar y ejecutar la aplicación
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Hacer una copia de seguridad del dispositivo nuevamente
(llamarlo Imagen de Prueba)
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Transferir las copias de seguridad a una PC
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Extraer las copias de seguridad en dos carpetas separadas
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Utilizar una herramienta de comparación para buscar diferencias entre las carpetas
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Identificar cualquier dato Eliminado, Modificado y Creado
Yo utilicé WinMerge o algo similar, está diseñado para ayudar a fusionar carpetas, sin embargo es suficiente para hacer la comparación.
También se pueden comparar las imágenes comprimidas sin extraer usando un editor hexadecimal que tenga herramientas de comparación de archivos.
Yo utilizo HxD Hex Editor para comparar archivos en PC.
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Ver nowsecure.com/blog/2016/02/18/…
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Fanotify ... está en el enlace que proporcionaste.
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Descarga SD Maid desde Play Store y en operaciones de búsqueda puedes especificar buscar archivos que han cambiado en una ventana de tiempo que especifiques.