Hay ciertas APIs que necesitan utilizar en parte del código, lo que requiere que se conceda el permiso. Puede que no sea necesario utilizar esa API, por lo que las aplicaciones siguen funcionando si carecen de permisos. Utilizan medios alternativos o no hacen nada por ello.
Identidad, Contactos, SMS, Teléfono, Fotos/Medios/Archivos, Almacenamiento, Cámara, Micrófono, Wi-Fi. Todos ellos son prácticamente imprescindibles para ejecutar los aspectos básicos de la mensajería SMS, con pocas excepciones. Los contactos ayudan a la identidad del remitente/receptor. P/M/F, Almacenamiento, Cámara, Micrófono se utilizan para enviar medios, archivos, o tomar medios para enviar. SMS y Teléfono para la transmisión real de SMS. Wi-Fi se utiliza probablemente para ayudar a identificar si el teléfono está conectado a Wi-Fi o no para la transmisión de mensajes.
Calendario : Probablemente se utiliza para ayudar a configurar los eventos del calendario cuando se reciben mensajes que contienen información sobre la fecha.
Ubicación : Por lo que sé, los mensajes se envían con datos de localización a menos que no se dé el permiso para acceder a esa información.
En cuanto a algunos de los otros permisos, parecen ser cosas que ayudan con la forma de enviar los datos a través. El resto parecen ser chismes que ayudan a hacer las cosas más rápido o proporcionan una forma alternativa de hacer algo, como establecer el fondo de pantalla.
Si tienes un permiso más específico que te preocupa, haré lo posible por añadir información sobre lo que podría estar haciendo con él.
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Como sugiere @CodeMonkey, el permiso de localización se utiliza para determinar tu ubicación al enviar mensajes. (Lo cual, en mi opinión, es una locura y una de las razones por las que no uso la aplicación. Hay muchas alternativas por ahí, especialmente las que se pueden utilizar sin proporcionar un número de teléfono).
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Signal es una aplicación moderna de Android que utiliza el sistema de permisos dinámicos que está disponible desde Android 6. Por lo tanto, puedes desactivar todos los permisos que no quieras que Signal utilice (como la ubicación) en los ajustes de Android.