Si utilizas Google Fotos para hacer copias de seguridad de tus fotos, también deberías utilizarla como aplicación de "galería" en tu teléfono para gestionar las fotos.
Cuando eliminas una foto en la aplicación Google Fotos, también se eliminará en el almacenamiento en línea de Google Fotos. En realidad, la coloca en la carpeta "Papelera" de Google Fotos, donde permanece durante 60 días a menos que elimines manualmente una imagen o todo el contenido de la carpeta.
Que yo sepa, esto es así y está por diseño, no hay opciones para hacer algo diferente. Está diseñado para ser tu "recuperador" de fotos en caso de que las pierdas por cualquier medio... ¿Cómo va a saber Google Fotos si has borrado esa foto a propósito o por accidente?