Como mencionas que la notificación va y viene en un segundo, creo que en realidad es una notificación de WhatsApp que dice "Comprobación de nuevos mensajes" - una captura de pantalla de esa notificación se puede encontrar en este hilo de MIUI . No está relacionado con sus grupos, silenciarlos no hará ninguna diferencia.
Yo mismo lo he visto ocasionalmente; aparece y desaparece muy rápidamente. Si quieres verificar lo que es la notificación en realidad, revisa el registro de notificaciones de tu teléfono que puede ser visto creando un de configuración de acceso directo al registro en el escritorio utilizando el lanzador de su elección .
He visto especulaciones de que sólo aparece si tu Internet está manchada, o si WhatsApp no puede funcionar en segundo plano por cualquier razón (por ejemplo, el Data Saver está activado, tu teléfono/ROM es extremadamente agresivo con tareas en segundo plano como lo es el MIUI o debido a la baja memoria RAM). Otra notificación que aparece en condiciones similares es "Es posible que tenga nuevos mensajes", pero esos mensajes se mantienen de forma permanente hasta que abra WhatsApp.
En cuanto a cómo desactivarlo sin detener todas las demás notificaciones de WhatsApp, sólo sería posible de forma nativa en Android Oreo debido a la compatibilidad con los canales de notificación. Creo que el canal relevante para la notificación es "Otras notificaciones". He desactivado ese canal y hace tiempo que no veo la notificación (aunque también puede ser porque nunca he cumplido las condiciones para ver la notificación).
También debo advertirte que al desactivar el canal también se desactivan otras notificaciones como "WhatsApp Web está funcionando" - ¡Compruébalo todo cuidadosamente!