¿Cambiar un sistema de archivos de la partición de /system eliminará todos los datos?

Depende en gran medida de cómo cambies la partición FS y qué software usas para hacerlo.

Si lo adivino bien, el FS de tu /system es la partición Linux ext4, que no tiene una forma sin pérdidas de ser convertida a FAT que yo sepa, así que supongo que en su mayoría lo formatea dos veces: a FAT, y luego de vuelta.

Es obvio que el formateo hará que se pierdan todos los datos de esa partición. Sin embargo, si encuentras, o si el tutorial lo indica, otra forma de convertir ext4 a FAT sin pérdidas, es posible que puedas cambiar el FS sin perder ningún dato. Pero estar al tanto que cambiar ext4 a FAT estropeará todos los permisos de los archivos, lo que potencialmente puede llevar a un trabajo extra antes de que se convierta en un estado utilizable.

Proceda con cautela.

El formateo de la partición del sistema no eliminará sus datos de usuario, Cualquier dato creado por el software del sistema se almacena en la partición de datos, esto incluye los datos de las aplicaciones descargadas e instaladas.

Por ejemplo, si configura su dispositivo sin utilizar las personalizaciones de Root ( cambiando build.prop, instalando xposed o las modificaciones del tipo de acceso Root ) en el sistema, entonces todos los datos se almacenarán por separado en la partición de datos. Un restablecimiento de fábrica normalmente sólo borraría la partición de datos y la partición de la caché por esta razón. Cualquier modificación del sistema puede ser guardada haciendo una copia de seguridad primero, luego reformateando la partición del sistema y restaurándola en la nueva partición.. A veces es necesario reformatear el sistema porque todo el esquema del sistema ha cambiado y probablemente requiere más o menos espacio, lo que significa que la partición se ha movido ligeramente de su ubicación física.