Fusioné con éxito los hilos de los SMS creando una copia de seguridad con SMS Backup & Restore.
Sólo abre el archivo .xml creado en, por ejemplo, Notepad++, luego reemplaza el número de tu contacto en el campo "dirección" según el número con el que quieras fusionarte. Ahora carga de nuevo el archivo de copia de seguridad alterado en tu teléfono, elimina tus mensajes desde la aplicación y restaura el archivo de copia de seguridad recién creado. Aunque a mí me funcionó bien en el primer intento, te recomiendo que conserves tu archivo de copia de seguridad inicial y que guardes la edición en una copia, por si acaso.
Usando este método, también arreglé algunos hilos divididos, donde un contacto con un número se dividió en varios hilos, debido a una restauración incorrecta del número de las copias de seguridad al cambiar de teléfono.
Espero que esto ayude. :)