Desventajas de CyanogenMod

1. Las aplicaciones de Google funcionarán exactamente igual que antes; o bien vendrán preempaquetadas con CM o te descargarás un paquete de actualización que las instalará por ti.
2. Los problemas de batería/radio/GPS están relacionados principalmente con el hardware específico. Tendrías que consultar los foros de CM y la wiki de tu modelo de teléfono para responder a esa pregunta.
3. La compatibilidad es un problema para algunas aplicaciones, pero en la gran mayoría de los casos la respuesta a esto será no (y de hecho, algunas aplicaciones son compatibles con CM pero no con las ROMs de stock).
4. Definitivamente, puedes seguir utilizando el teléfono para desarrollar aplicaciones :)

Lo bueno de flashear una nueva ROM es que puedes volver a la experiencia original en cualquier momento, ya sea haciendo una copia de seguridad o descargando la ROM original y guardándola para flashearla más tarde si lo deseas. Así que realmente no estás arriesgando nada, excepto algo de tiempo invertido en toquetear las ROMs.