¿Cómo crear un archivo update.zip que pueda copiar y renombrar un archivo?

De hecho, puedes hacerlo usando la sintaxis run_program en updater-script para ejecutar un shell script que mueve/copia/pega archivos mientras se recupera. Pero por supuesto, debes extraer los archivos que se van a pegar en algún lugar (/tmp por ejemplo).

Parte del actualizador-script:

package_extract_dir("stuff", "/tmp/stuff");
set_perm(0, 0, 0755, "/tmp/stuff/movefiles.sh");
run_program("/tmp/stuff/movefiles.sh");

El shell de muestra script puede ser así (llamado movefiles.sh en este caso):

#!/sbin/sh
# Backup files
cp /system/framwork/something.apk /path/you/want

# Paste files
cp /tmp/somethingssss.apk /system/framework/something.apk

# Set back permissions (the copied file has the same permissons, but the new ones does not)
chmod 644 /system/framework/something.apk

Pero recuerda, el EOL del actualizador-script y el shell script debe ser el mismo, en formato UNIX, o de lo contrario no funcionará.

Copiar un archivo ( -p conserva los permisos y la propiedad):

run_program("/sbin/cp", "-p", "/system/framework/file-to-copy.apk", "/system/file-to-copy.apk");

Cambiar el nombre de un archivo (sobrescribirá el archivo de destino):

rename("/system/file-to-copy.apk", "/system/renamed-file.apk");

Como referencia, la sintaxis de los guiones de Edify (así es como se llaman) está aquí: Edificar la sintaxis

No puedes ejecutar archivos zip.

Puedes mover/borrar/renombrar un archivo en /sistema/ a través de adb pero debes volver a montar el sistema como si fuera escrito.