¿Es posible flashear un HTC Desire en Linux (considerando los drivers)?

Sí. Es posible flashear dispositivos Android en Linux. El hecho es que Android no necesita controladores: tanto adb como fastboot utilizan libusb y se comunican directamente con los dispositivos. Su principal preocupación debe ser encontrar un binario fastboot compatible: algunos fabricantes de equipos originales utilizan extensiones fastboot propietarias para manejar ciertas funciones.

Obviamente no puedes esperar seguir el tutorial de Windows en Linux. Afortunadamente para ti, unrevoked (la herramienta utilizada en el tutorial que enlazaste) tiene también una versión para Linux.