¿Funcionan las aplicaciones de JellyBean 4.3 en KitKat 4.4?

No hay garantía que funcionen, pero la compatibilidad de la API cuando se actualiza es un principio permanente de Android. Las probabilidades de que funcionen sin problemas son muy altas (por encima del 90%).

Al final, que funcionen o no depende de usted, como desarrollador . Como desarrollador de Android, probablemente deberías leer la documentación publicada con las nuevas API para las funciones y métodos que utilizas.

De un modo u otro, es posible que tenga que actualizar a la versión 4.4 tan pronto como pueda, para solucionar los posibles fallos que puedan surgir para sus usuarios.

Mi opinión es que sí, que funcionarán. Como sabes, cuando desarrollas una aplicación seleccionas la compilación de Android de destino para tu aplicación, que es la versión más baja de Android con la que se "supone" que tu aplicación funciona. En este caso, tus aplicaciones están orientadas a la versión 4.3 y deberían funcionar fácilmente en la 4.4.2. Del mismo modo, si te diriges a la 2.3 (como hacen muchos desarrolladores) tus aplicaciones deberían seguir funcionando. No está garantizado, por supuesto, pero creo que estará bien.

Como nota al margen, mi Galaxy Note 2 recibió recientemente la nueva actualización y no he tenido ningún problema con las aplicaciones que estaban instaladas en mi teléfono, y estoy bastante seguro de que no todas han sido actualizadas para KitKat.