Por qué Android comprueba el correo electrónico y play store cuando la sincronización está desactivada

Creo que has malinterpretado los ajustes de sincronización. No pretenden impedir que las aplicaciones realicen operaciones en segundo plano. La configuración de sincronización de cada aplicación se realiza desde dentro de la misma, como cualquier otra configuración de aplicación, por lo que el comportamiento exacto depende de esa aplicación. Dado que los ajustes de sincronización forman parte del mecanismo de cuentas, normalmente se utilizan para controlar los datos asociados a esa cuenta (por ejemplo, si tienes la aplicación Evernote instalada y una cuenta de Evernote iniciada, el ajuste de sincronización dentro de esa cuenta sólo controla la sincronización de los datos pertenecientes a esa cuenta; no controla ningún otro tipo de procesos en segundo plano).

Las actualizaciones del sistema operativo y de las aplicaciones no están cubiertas por ninguno de los ajustes de sincronización, por lo que no es de esperar que esos ajustes cambien su comportamiento.