Lo que describes no puede ocurrir. El actualizador de Android descarga toda la actualización antes de hacer nada. Sólo cuando termina de descargarse ofrece reiniciar e instalar, y no se requiere conexión a Internet para el procedimiento de instalación.
Tal vez lo que ha ocurrido es simplemente que la actualización de Android se ha completado con éxito, y estás esperando que algunas aplicaciones se actualicen por sí mismas. Las nuevas funcionalidades, como la aplicación Play Newsstand, son independientes de la actualización del sistema operativo, por lo que es posible que tengas que esperar un poco más para esa actualización. Además, si esperas la nueva pantalla de inicio, con una página de Google Now y efectos transparentes, ten en cuenta que tampoco forma parte de la actualización del sistema operativo: el nuevo lanzador sólo está en los dispositivos Nexus 5 por ahora, y podrás descargarlo desde Google Play pronto.
Cuando intentes obtener ayuda para un problema, describe los síntomas reales que observas, no sólo lo que crees que ha causado el problema. Podríamos darte respuestas mucho más concretas si tu pregunta fuera más específica que "faltan algunas funciones".