No se puede acceder a los archivos ocultos en Nexus 5 después de Root

Utilicé ADB para darme acceso a data/data/my.app.dir, así como a las carpetas y archivos que contenía, y luego llevarlos a mi ordenador.

Por alguna razón no pude extraer los archivos directamente desde su ubicación (incluso con el shell ABD cerrado), así que los copié a un almacenamiento emulado del teléfono y los extraje desde allí.

Escribí un sencillo script por lotes para extraer fácilmente los archivos que quería:

@echo off
echo Database transfer progress:
adb shell su -c "chmod 777 /data"
adb shell su -c "chmod 777 /data/data"
adb shell su -c "chmod 777 /data/data/my.app.dir"
adb shell su -c "chmod 777 /data/data/my.app.dir/databases"
adb shell su -c "chmod 777 /data/data/my.app.dir/databases/MyDatabase"
adb shell su -c "cp /data/data/my.app.dir/databases/MyDatabase /sdcard/Download"
adb pull /sdcard/Download/MyDatabase C:\Temp
adb shell su -c "rm /sdcard/Download/MyDatabase"
echo[
REM - pause and check for errors
pause

No me importa revertir los permisos en este dispositivo, pero reiniciar el teléfono parece restablecerlos.