Por Greenify:
Puedes participar en el programa Greenify beta uniéndote a su Comunidad de Google que debería funcionar con Xposed para Lollipop. Como parte del programa beta, recibirás automáticamente actualizaciones beta a través de la Play Store. De lo contrario, puedes tomar el APK de este espejo e instalarlo tú mismo.
Para Bootmanager:
Alguien nota que todavía funciona con esta solución
[Puedes] hacer clic fuera del mensaje emergente al inicio del gestor de arranque y funciona independientemente del mensaje "módulo no habilitado".
Obsérvese también que a partir de hoy (4/Mar/15) Xposed para Lollipop sigue siendo una versión alfa . Aún no está completo, por lo que es posible que varios módulos aún no funcionen con él. Incluso cuando esté terminado, puede que lleve más tiempo para que los propios módulos se actualicen con soporte.
La última actualización de la situación (19 de febrero) de la Foro oficial de XDA también afirma:
Tenga en cuenta que este no es mi trabajo a tiempo completo y que una fase alfa puede tomar algún tiempo. Sería ilusorio asumir que llegamos a un estado estable después de unos días, con todos los cambios que se han hecho". fuente
Lo más que puedes hacer es contactar a los desarrolladores del módulo y apoyarlos en el proceso de actualización de sus aplicaciones para el soporte de Xposed Lollipop.