Como con cualquier aplicación: mira los permisos que solicita y piensa si la aplicación necesita legítimamente esos permisos. No hay nada que intrínsecamente no es seguro utilizar un lanzador personalizado, pero si solicita permisos que no deberían ser necesarios sólo para mostrar una pantalla de inicio, puede haber ocultado una funcionalidad maliciosa. (O puede utilizarlas con fines legítimos: por ejemplo, algunos lanzadores populares solicitan permiso para "llamar directamente a números de teléfono" para poder ofrecer la posibilidad de poner iconos de marcación directa en tu pantalla de inicio).
Para ver los permisos de una aplicación que ya has instalado, ve a Ajustes -> Aplicaciones, busca la aplicación y desplázate hasta el final de su página de información. También puedes ver los permisos de una app en Play Store antes de instalarla: desplázate hasta la parte inferior de la página de la app en Play Store y toca en "Detalles de los permisos".
Ten en cuenta que una aplicación lanzadora sabrá (naturalmente) qué otras aplicaciones se lanzan con ella. Por lo general, esto no es un problema, pero si la aplicación de lanzamiento tiene permiso de Internet, podría enviar información sobre las aplicaciones que utilizas a un tercero, lo que sería una violación de la privacidad.
Cuando se desinstala una aplicación, se elimina cualquier dato almacenado con la propia aplicación; esto generalmente incluye cosas como la configuración de la personalización. Pero si la aplicación tiene permiso para "modificar el almacenamiento USB", es posible que también haya creado archivos en el área de almacenamiento compartido de tu teléfono, es decir, los archivos que ves cuando conectas el teléfono al ordenador con un cable USB. Estos no se eliminan cuando desinstalas una aplicación, pero puedes eliminarlos tú mismo, ya sea con una conexión USB o con una aplicación de gestión de archivos en el propio teléfono.
Un lanzador personalizado no "anula el sistema operativo nativo" de forma insegura. En realidad es una aplicación normal que responde al botón de inicio del teléfono.